Le BAPE est composé d'au plus cinq membres à temps plein, dont un président et un vice-président. Ces membres sont nommés par le gouvernement (Règlement sur la procédure de sélection des personnes aptes à être nommées membres du Bureau d’audiences publiques sur l’environnement).

Lorsque le ministre de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques reçoit des demandes de consultation publique ou de médiation à la fin de la période d’information publique, celui-ci transmet au BAPE, dans les 10 jours, les demandes jugées non-frivoles. De son côté, le BAPE doit, dans les 20 jours suivant la fin de la période d’information publique, recommander au ministre si le projet devrait faire l’objet d’une audience publique, d’une consultation ciblée ou d’une médiation. Une fois le mandat reçu du ministre, le président du BAPE forme une commission d'enquête et désigne la personne responsable. La personne qui préside la commission est habituellement un membre à plein temps du BAPE, auquel se joignent des commissaires choisis selon leur compétence à traiter les éléments et les enjeux particuliers au projet soumis. Pour lui permettre de former les commissions en temps opportun et de satisfaire aux exigences des mandats confiés par le ministre de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques, le président dispose également d’une liste de membres à temps partiel nommés par le gouvernement.

Pour les enquêtes qui leur sont confiées, les membres sont assermentés et possèdent les pouvoirs et l’immunité des commissaires nommés en vertu de la Loi sur les commissions d’enquête. Ils peuvent notamment exiger tout document utile à la compréhension du dossier. L’approche privilégiée des commissions consiste cependant à éviter, dans la mesure du possible, l’exercice formel de pouvoirs coercitifs.

Le président assume la direction de l’organisme. Il est assisté par le vice-président, l’assemblée des membres, le secrétaire et directeur général de l’administration et des communications et la directrice de l’expertise environnementale et du développement durable.

Les membres, à titre de commissaires, participent et conduisent les commissions et assurent la gestion des ressources qui leur sont confiées pour remplir leurs mandats.